В кінці XV століття генуезькі купці, під тиском турків, вимушені були залишити свої кримські фортеці і міста. Незабаром Чорне море стало практично “внутрішнім морем” імперії Османа і турецький султан заборонив кримському ханові зводити фортеці на півострові, за винятком Перекопу.
Із запануванням на російському престолі Петра I ситуація змінилася. Петро серйозно узявся за повернення втрачених територій і усунення перешкод для виходу Росії в моря - Чорне і Балтійське. У 1696 році Петро I, в результаті влаштованої їм морської блокади, узяв турецьку фортецю Азів і вивів побудований російський флот в Азовському морі. Через три роки цар провів демонстрацію своїх кораблів в Керченській протоці. Привід Петро I вибрав важливий: проводи посольського судна «Фортеця» до Константинополя. Вся флотилія з десяти одиниць, що супроводжується безліччю галер, козачих «чайок» і інших варіацій на суднобудівельні теми з'явилася серпневим днем 1699 р. перед турецьким гарнізоном Керчі. У липні 1700 р. в столиці Туреччини було підписано перемир'я; султан поступився Росії Азів, і Москва перестала платити дань Кримському ханові.
У 1701 році, на західному березі керченської протоки, турки приступили до зведення нової фортеці, покликаної перешкодити російським кораблям потрапляти в Чорне море. Місце було вибране вдало: на крутому березі, напроти коси Чушка. Це місце було вельми незручне для судів, що проходять мимо: із-за неможливості зробити маневр судно як би “підставлялося” під вогонь берегових батарей. Позицію надійно прикривали мілини і турецькі судна на прохідних ділянках, тилом їй служила фортеця Тамань. Керував будівництвом нової фортеці італієць Голоппо, що прийняв іслам. Основні роботи були завершені вже до 1703 року. Знов зведені зміцнення отримали назву Ени-кале, що в перекладі з татарського означає просто «Нова фортеця».
Тут розташувався головний штаб турецької оборони причерноморья, а колишній командний пункт в Кафе (Феодосія) і «стара» фортеця Керч перейшли в резерв.
Фортеця була збудована у формі, близькій до неправильно трапеції. По периметру фортецю охоплювали високі зубчаті стіни. З боку суші, перед кріпосними стінами був викопаний глибокий рів, а з боку морського берега був вимощений майданчик на палях, по якому проходила дорога. Всього у фортецю вели три дорогі: одна - з Керчі уподовж морить, друга - з північного сходу, від причалів Еникальського затоки і переправи з Тамані, третя, - з боку Джанкоя. Ще один вхід вів з боку моря. Ворота посилені були баштами і майданчиками для військ.
Гарнізон Еникале міг складати до 2 тисяч чоловік, але зазвичай у фортеці знаходилося порядка 1000 воїнів. В основному це були турки, але частиною служили і татарські добровольці, що вербувалися з найближчих сіл. Платню солдати отримували з султанської казни, жили в казармах усередині фортеці, до їх послуг містилися мечеть і лазня. Гарнізонним начальником полягав паша у високому чині візиря, він також жив в самій фортеці, його спокої розташовувалися над «джанкойскими» комірами.
У 1711 р. Петро I програв прутскую кампанію і, за договором з Портой, знищив Азовський флот і зруйнував зміцнення Азова. На півстолітті пристрасті уляглися, і еникальское кріпосне начальство займалося, в основному, митними справами, оскільки нова фортеця стала жвавим торговим центром.
У другій половині XVIII століття, в середині правління Катерини II, в Петербурзі знов узялися за вирішення чорноморської проблеми. Природним бажанням Росії було володіти виходом в Чорне море (пригадали, що колись Чорне море називали російським, а в Керченській протоці існувала колонія Київської Русі - Тмутаракань).
Проте, як би попереджуючи події, війну, осінню 1768 року, оголосив турецький султан.
Перші два роки битви відбувалися далеко від Криму: на Дунаї і в Середземному морі. Розгорнена проти Криму російська армія стояла без руху в Екатерінославле (Дніпропетровськ). Петербург чекав відновлення Азовського флоту, судноверфі спускали кораблі на воду ударними темпами, і на початку літа 1771 р. флот вийшов в морі. Кримська кампанія почалася...
Війська під командуванням князя В. М. Долгорукого двома колонами почали рух на Перекоп і Арабатськую косу. Азовська ескадра під прапором адмірала А. Н. Синявіна, увійшовши в Генічеський заливши, навела переправу, по якій корпус князя Щербатова досяг коси і узяв штурмом фортецю Арабат. Одночасно ліг, узятий князем Долгоруким, Перекоп. Трапилася названа перемога в середині червня 1771 р. Від Арабатськой стрілки шлях вів до Еникале.
Комендант “Нової фортеці” намагався організувати оборону увіреної йому території. Гарнізон був підкріплений присланою із Стамбулу флотилією і 12 000 солдатів. 9 дрібних судів було послано до Арабату на розвідку, але, побачивши російський флот, вони повернулися в Еникале і зі всією флотилією відішли до Керчі, і, забравши місцевих жителів, ретирувалися в Чорне море. Через 2 дні еникальский гарнізон, сівши на купецькі судна, пішов до Синоп, а татари розійшлися по своїх селищах, залишивши у фортеці декілька жителів і артилерію. 21 червня 1771 року, декілька вірменських сімей, що залишилися в місті, зустріли біля воріт генерала Борзова і піднесли ключі від фортеці. Того ж дня росіяни зайняли Керч.
З 1774 року ім'я “Нової фортеці” вживають лише в зв'язці з Керчю, до російського лексикону увійшло поєднання «Керчь-еникале». Спочатку знов отримані міста були включені в Маріупольський повіт Азовської губернії, що не мала з новими територіями сухопутного повідомлення. Але вже в 1775 році була створена окрема Азовська губернія, куди і увійшли все нові придбання.
Керч і Еникале дісталися російським військам практично безлюдними і незабаром почалося заселення нових земель православними греками - вихідцями з архіпелагів моря Егейського і війнами з, так званого, Албанського війська, що брали участь в бойових діях російського флоту в період російсько-турецької війни. Грекам було обіцяно установу в Керчі і Еникале «вільного і вольного» порту, будівництво будинків і храмів в нових місцях за рахунок казни, звільнення від сплати податків на 30 років, право торгівлі у всіх російських містах і портах і багато що інше.
Крім греків в Еникале прибували і переселенці із Слобідської України.
“З 1776 року біля стін Еникале почали влаштовуватися ярмарки, на які стікалися купці з Криму, Росії, Кавказу.
У 1783 році Катерина II підписала “Указ про входження Кримського ханства до складу Російської імперії”. Керч і Еникале опинилися в глибині Росії. Тоді ж на мисі Ак-бурун, що замикає з півдня керченську затоку, починається будівництво Александровського і Павлівського редутів, посилених невеликою Павлівською фортецею. Еникальськая артилерія відходить на другий план. Після утворення Таврійської області, поселення під назвою Керчь-еникале отримує статус міста. Незабаром міський центр остаточно переміщається до Керчі, а Еникале приходить в занепад. У 1825 р. фортеця Еникале була скасована, і на її території розмістився військовий госпіталь, а місто поступово перетворилося на невелике селище.
У 1855 році Крепость Еникале останній раз взяла участь у війнах - її батарея вела нетривалий бій з англо-французским десантом в Керчі. Але сили були не рівні і російським довелося відступити.
Після Кримської війни Еникале остаточно перетворюється на дачне передмістя Керчі. У 1880-х роках госпіталь закрили і фортеця була остаточно покинута.
